เนื่องจากมี "บุคล" ที่แสร้งทำตัวคล้ายๆ "นักวิชาการ" บางคน มาป่าวประกาศว่า โครงการฝนหลวงเป็นต้นเหตุของน้ำท่วม โดยได้พยายามเขียนข้อความแบบมีวาระแอบแฝงไว้ใน Pintip.com และมีการให้แสดงความคิดเห็นไปต่างๆนาๆ บ้างก็ว่า สาเหตุที่ทำให้น้ำท่วมนั้น ส่วนหนึ่งเป็นเพราะมีการทำฝนหลวงในฤดูฝน ซึ่งในบางความเห็นมันส่อเจตนาที่ให้ร้ายต่อโครงการตามพระราชดำริของนายหลวง ที่มีคุณูปการต่อพี่น้องประชาชนชาวไทย เป็นอย่างมาก  ไม่ว่าความเห็นดังกล่าวจะมีวาระแอบแฝงอย่างไร ขอให้พวกเราโปรดเข้าใจข้อเท็จจริง ดังนี้ การทำฝนหลวง

(1) การออกปฏิบัติการช่วยเหลือแต่ละครั้ง จะดำเนินการเมื่อได้รับการร้องเรียนจากกลุ่มเกษตรกร , สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร , ผู้ว่าราชการจังหวัด หรือประสานงานโดยตรงกับคณะปฏิบัติการฝนหลวง โดยต้องมีผู้ร้องขอไปยังสำนักฝนหลวงและการบินเกษตร กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ หากเจ้าหน้าที่เห็นว่าราษฎรมีความเดือดร้อนและจำเป็นต้องได้ฝนหลวงไปบรรเทาปัญหาการเกษตร  มีหลักเกณฑ์การพิจารณา ดังนี้คือ จำนวนพื้นที่พืชผลทางเกษตรกรรม จะต้องไม่น้อยกว่า 200,000 ไร่  และต้องไม่ก่อให้เกิดผลกระทบเสียหายต่อพืชผลเกษตรกรรมในพื้นที่ใกล้เคียงที่ไม่ต้องการน้ำ

(2) แม้จะเข้าสู่ฤดูฝนแล้ว แต่ในบางจังหวัดกลับยังมีความต้องการฝนหลวงเพื่อการเกษตร เพราะฝนธรรมชาติตกไม่ทั่วถึง

อย่างไรก็ตาม มาฟังจากปากของ นายวราวุธ ขันติยานันท์ ผู้อำนวยการสำนักฝนหลวงและการบินเกษตร ให้สัมภาษณ์ สำนักข่าว T-NEWS เมื่อ 27 ต.ค.54 ตอบคำถาม อันเป็นข้อสงสัยเรื่องนี้ได้อย่างกระจ่างเลยทีเดียว